Un nouveau rapport publié par FPInnovations, intitulé In-Situ Identification of Wood Inhabiting Microorganisms (Identification in situ de microorganismes qui colonisent le bois), compare trois méthodes pour identifier ces microorganismes.
Résumé
Pour améliorer l’accessibilité, pour les membres de FPInnovations, à la génomique dans l’identification des microorganismes qui colonisent le bois, nous avons comparé trois méthodes de métacodage à barres de l’ADN environnemental (ADNe) : clonage avec séquençage Sanger de première génération, métacodage à barres d’amplicons et séquençage Illumina de seconde génération et enfin, métacodage à barres d’amplicons et séquençage à lecture longue de troisième génération à l’aide du MinION portatif. Pour chaque méthode, nous avons examiné les coûts, la vitesse et la difficulté d’utilisation. Le métacodage à barres Illumina s’est avéré la méthode la plus réalisable sur le plan économique. Le clonage était difficile, étant sujet à l’échec et nécessitant beaucoup de recherches de problèmes. Le métacodage à barres Illumina doit être donné en sous-traitance, ce qui peut retarder l’achèvement du projet. Toutefois, peu de recherches de problèmes sont nécessaires à l’interne. Le séquençage de troisième génération est une option attrayante pour les analyses de routine. Il est rapide, peu coûteux et demande peu de capital de démarrage. Toutefois, ce n’est peut-être pas une option s’il est rarement utilisé en raison du temps d’apprentissage requis et de l’expiration rapide des cuves à circulation inutilisées. Pour des projets occasionnels, il est recommandé de sous-traiter le métacodage à barres d’amplicons à un établissement qui utilise des séquenceurs de seconde ou de troisième génération, y compris l’analyse des données.
Vous pouvez consulter ou télécharger le rapport à partir de la bibliothèque de recherche en ligne de FPInnovations.
Pour plus d’information sur le sujet, veuillez communiquer avec Rod Stirling, gestionnaire, Nouveaux matériaux de construction.
